27 октября 1991 года Джохар Дудаев избран президентом Чеченской Республики Ичкерия (ЧРИ).
По данным СМИ, российским спецслужбам дважды удавалось внедрить в окружение Джохара Дудаева своих агентов и один раз заминировать его автомобиль, но все попытки покушения закончились неудачей.
В ночь на 22 апреля 1996 года в районе села Гехи-Чу Джохар Дудаев был убит. Согласно одной из версий, когда Дудаев выходил на связь с депутатом Государственной Думы РФ К.Н.Боровым, сигнал его спутникового телефона был запеленгован, что позволило российской авиации произвести прицельный пуск самонаводящейся ракеты.
Согласно Конституции Ичкерии, преемником Дудаева на посту президента стал вице-президент Зелимхан Яндарбиев.